Jonathan však v hloubi duše snil o tom, že v mládí se sice bude živit herectvím, pak by ale rád přešel na scenáristiku a režii. Bohužel se k tomu nikdy nedostal. Když se dotočil poslední díl Strážce moře, jeho kariéra se náhle propadla.
Objevil se několikrát v televizi i ve filmu, jenže jeho překážkou se stal přibývající věk. Už nebyl pro producenty atraktivní, ti ho už navždy viděli jen jako teenage hvězdu. Nic naplat, že si v Hart’s War zahrál po boku Bruce Willise a Colina Farrela. Nakonec vystřihli skoro všechny jeho scény. Zúčastnil se také castingu na roli Anakina Skywalkera ve filmu Hvězdné války: Klony útočí. Vedení studia ale usoudilo, že je na roli příliš starý.
Smrt Jonathana Brandise
Jonathana onu osudnou noc 11. listopadu 2003 ve 23:40 objevil oběšeného jeho kamarád v jeho vlastním bytě, kam si pozval kamarády na večeři. Ti v šoku okamžitě zavolali policii i záchranku. Jeho zranění nebyla bohužel slučitelná se životem. Za mrtvého byl prohlášen ve 2:45. Nezanechal po sobě žádný vzkaz, jen často říkal, že se zabije. Nezdary řešil alkoholem. Také ho tížila samota. Několik dní před smrtí navštívil neohlášeně své rodiče. Jeho matka poté vypověděla, že tušila problémy, nevěděla ale, jak mu pomoci.
Po jeho smrti pak vznikly na internetu, s pomocí jeho fanoušků, stránky zaměřené na herce, jenž měly sloužit jako jakási věčná památka. Tam se také objevila zpráva, že mohl ve skutečnosti trpět duševní poruchou. To by vysvětlovalo i fakt, že nesl neúspěch hůře než ostatní. Kdyby se léčil, mohl možná ještě žít. Tak zbyly, bohužel, jen vzpomínky.
